在原大总部、打破大军区时代，军种解放军总后勤部直辖一批重点医院、壁垒医学院、统调军医大学。配资各军兵种、打破七大军区也有各自的军种医院体系，如北京军区总医院、壁垒海军总医院等。统调
军改后，配资原总后勤部所属的打破各大医院划归新组建的联勤保障部队。武警总医院、军种海军总医院、壁垒陆军总医院等，统调均并入联勤部队直辖的配资解放军总医院，改为第三、第六、第七医学中心。空军、火箭军、战略支援部队总医院则保持独立，改称为相应的军种特色医学中心。军事医学科学院并入军事科学院，重组为军事医学研究院。
其余医院分属联勤保障部队下辖五个联勤保障中心，分别位于五大战区，打破军种壁垒，统一调配资源，由主要面向陆军部队，改为面向战区内的各军种部队提供卫勤保障。如原济南军区总医院，改组为沈阳保障中心第960医院。原广州军区武汉总医院改组为中部战区总医院，隶属郑州保障中心管理。
而各集团军等一线作战部队，仍保留一些直属医院，如解放军第98医院改为陆军第72集团军医院，第251医院改为第81集团军医院。
